Centrum Projektów i Innowacji zostało powołane 1 listopada 2020 r. w nowopowstałym Pionie ds. Innowacji i Rozwoju.  W strukturze CPiI znalazło się Centrum Transferu Technologii Morskich. Oprócz zadań związanych z komercjalizacją wyników działalności naukowej, CPiI przejęło część projektów dotąd koordynowanych przez Dział Nauki i Dział ds. Obcokrajowców i Wymiany Międzynarodowych, a także realizację prac zleconych.